O objetivo geral consiste em explorar os 9 mundos e encontrar todas as 96 saídas existentes, resgatando a Princesa das garras de Bowser e libertando os sete Yoshis cativos nos ovos. Entretanto, desafios mais amplos podem se tornar suas metas conforme o jogo progride.

Também é relevante encontrar os quatro Palácios do Interruptor ( ! amarelos, azuis, vermelhos e verdes) para tornar a jornada mais fácil, assim também como os mundos secretos como o Caminho da Estrela, que auxilia seu transporte em atalhos estratégicos espalhados por todo o mapa e a Zona Especial, uma coletânea de testes difíceis envolvendo todas as características de jogabilidade trazidas pelo jogo.

Outras áreas secretas como Lago da Soda e Área Super Secreta, além das Casas Fantasmas escondidas, também podem ser descobertas ao longo do jogo.

       Princesa Toadstool